Fundada em 1992, Federação Agrícola dos Açores está presente nas nove ilhas do arquipélago.

A Federação Agrícola dos Açores foi constituída a 10 de setembro de 1992, tendo como associações fundadoras a Associação Agrícola da Ilha Terceira, a Associação Agrícola de S. Miguel, a Associação dos Agricultores da Ilha do Pico; a Associação Agrícola da Ilha das Flores; a Associação dos Jovens Agricultores Micaelenses; a Fruter; a Associação dos Jovens Agricultores Jorgenses e a Associação Agrícola da Ilha de Sta. Maria.

A primeira Assembleia-Geral aconteceu a 12 de dezembro do mesmo ano, com Paulo Caetano Ferreira, da Associação Agrícola da Ilha Terceira, como seu primeiro presidente da direção.

A Federação surge num período em que as Associações de Agricultores estavam a dar os primeiros passos na organização de produtores mas era necessário esbater as distâncias entre elas e haver uma reivindicação comum.

Em Julho de 1993 os Congressos da Agricultura passam a ser organizados pela Federação Agrícola, realizando-se a 6ª edição na ilha das Flores. Em 1994 realiza-se na ilha Graciosa, em 1995 na ilha de São Jorge, em 1997 na ilha Terceira, em S. Miguel no ano 2000, na ilha do Faial em 2004, novamente na ilha de São Miguel em 2010 e a última edição em 2019, realizando-se o XIII Congresso na ilha Terceira.

Também em 1993 a Federação pede filiação à Confederação dos Agricultores de Portugal estando os Açores representados nas reivindicações a nível Nacional e Comunitário.

Exerceram funções como presidente da Federação Agrícola dos Açores Paulo Caetano Ferreira, da Associação Agrícola da ilha Terceira, em 1992 e 2000, José Armas Gomes, da Associação Agrícola da Ilha das Flores, em 1996, José António Azevedo da Associação Agrícola da ilha das Flores em 1997, Tomás Orlando Cardoso, da Associação dos Jovens Agricultores Picoenses, em 1998, António Ventura, da Associação Agrícola da Ilha Terceira, em 2001. Em 2002 acontece a eleição da Associação Agrícola de São Miguel - representada por Manuel Martins e mais tarde substituído por Jorge Rita em resultado das eleições internas.

Após a segunda alteração dos estatutos, a Direção da Federação passa, a partir de 2004, a ter a representação de 5 associadas e sempre que possível os vários setores da produção e os jovens agricultores. Nesse ano, o Carlos Barcelos da Associação Agrícola da Ilha Terceira toma posse como Presidente em substituição de António Ventura que é na altura eleito deputado à Assembleia Legislativa Regional. Em 2006 a Associação dos Jovens Agricultores Micaelenses assume a presidência, representada por Virgílio Oliveira. No ano de 2008 as eleições colocam a Associação Agrícola de São Miguel novamente na presidência, representada pelo por Jorge Rita situação que se mantém no atual mandato 2022-2024.

Apesar do movimento associativo ser maioritariamente presidido por homens, Jacinta Melo foi presidente da Associação dos Jovens Agricultores Faialenses entre 16/07/1993 e 21/05/2001. Atualmente a Trybio - Associação de Produtores e Consumidores de Agricultura Biológica é presidida por Ana Branco, curiosamente também uma organização com sede na ilha do Faial.

Atualmente, o movimento associativo filiado na Federação Agrícola dos Açores representa, através das suas 23 organizações, das 9 ilhas, cerca de 7.000 sócios.